低應變法的局限性和應用誤區主要概括有以下幾點：
一、不能準確檢測樁基承載力
低應變動測法主要用于檢測樁身完整性，而人們最關心的問題是樁基的承載力是否滿足設計要求，承載力是否符合設計要求由樁基的完整性、混凝土骨料粒徑、混凝土強度及樁土作用力四個要素來共同評定，對于樁基完整性不合格的樁基可以應用低應變動測法檢測出來，證明該樁的承載力就一定不符合設計要求，但是如果樁基完整完好，低應變動測法就檢測不出其他三個要素好不好，其承載力就有不符合設計要求的可能。所以低應變法檢測樁不能準確檢測承載力。
二、不能提供準確樁長數據
低應變法樁基檢測基本計算公式：其中有3個參量，力波傳遞時間s是可以測定出來的一個確定的量，從式子上看要提供樁長l，必須還要能確定波速度v，而v的影響因素有很多，如：樁的齡期、混凝土的強度、混凝土骨料粒徑等都對v有影響，存在很大的差異性，曾有人做過實驗如果取已知樁基的檢測結果的平均力波速度去反算樁長，一根10m的樁大概要有1m的誤差，用s和v來計算樁長，不能提供準確的樁基長度數據。
樁基長度是監理部門和施工單位都十分關注的問題，直接影響著業主支付工程款，準確確定樁基長度可以查看鉆孔原始記錄，或是看樁基灌注前監理驗孔批復單，這些用尺量直接測量的數據，是可靠的數據。
三、不適合檢測短而粗的樁基
低應變法檢測樁基的基礎理論是一維桿理論模型，而短粗的樁基，不滿足樁長都遠大于樁徑的條件，與一維桿理論有較偏離大，對于長度小于10m，樁徑大于2.0m的樁，橫波干擾較多，無法判斷樁底和缺陷，直接影響著樁基完整性的判斷，這類樁基最好用聲波透射法檢測。關于樁底反射波的問題 在工程檢測中，有許多檢測人員錯誤地認為低應變法檢測基樁完整性應該有一個與入射波同方向的樁底反射波，如果沒有發現，就認為該檢測信號無效。而大量的測量實踐表明，當樁端部分樁身阻抗與持力層阻抗相匹配時，實測信號正常情況就是沒有樁底反射波不能將信號無樁底反射波作為該檢測信號無效的依據。
在運用低應變法檢測嵌巖樁時，如果出現了與入射波同向的單一反射波時，恰恰說明了該檢測方法不符合要求，應該換用其它檢測方法來驗證樁端嵌巖情況。
四、不能檢測樁頂端是非自由情形
低應變法進行基樁檢測時，樁頂面應密實、平整，且是自由的。樁頂應是自由的這一條件在測試時容易被忽視。樁基聲測管低應變法原理是將基樁假設為一個一維桿件模型，然后建立偏微分方程，但是樁頂端是自由的是求解此偏微分方程的邊界條件，離開了這一邊界條件，現行低應變法所用波動理論分析方法是完全不成立的。
例如，有些檢測單位在地面建筑已施工至4層時，利用承臺梁下方外露的局部樁頭進行了低應變法無法檢測樁身完整性。因為建筑物已施工至地面4層相當于樁頂端是非自由的，此時基樁已不是一-個獨立的桿件，故不能采用低應變法檢測樁身完整性了。
